Het Nieuwe en het Oude Bijenpark zijn onderdeel van de Hoofdgroenstructuur. Deze omvat de minimaal benodigde hoeveelheid groen die Amsterdam wil borgen, bestaande uit gebieden die waardevol zijn voor de stad en de metropool. Die gebieden vervullen een onmisbare functie, niet alleen voor de verbetering van het leefklimaat, de luchtkwaliteit en de waterhuishouding, maar ook voor de biodiversiteit, groene recreatie en de voedselproductie. Behoud van cultuurhistorische waarden en een gevarieerd totaal aanbod aan groen zijn daarnaast belangrijke aspecten.
Het Nieuwe Bijenpark ligt in het groengebied de Tuinen van West. Het halfopen landschap van de volkstuinen in dit gebied kent een grote biodiversiteit. In 2009 kwamen er volgens de Natuurvisie Tuinen van West 17 doelsoorten voor op deze parken.
In 2008 is op het Nieuwe Bijenpark een vogelschouw gehouden wat een lijst met vogelwaarnemingen heeft opgeleverd. Deze bevat verschillende soorten die op de Rode Lijst staan, zoals:
Boerenzwaluw
Gele kwikstaart
Koekoek
Kramsvogel
Ransuil
Slobeend
Smient
Torenvalk
IJsvogel
Zwarte mees
De meeste soorten uit de vogelwaarnemingenlijst zien we nog jaarlijks terug op het Nieuwe Bijenpark. Zie de actuele waarnemingen in en om het Nieuwe Bijenpark en het Oude Bijenpark.
Naast vogels vindt men op de parken onder meer vossen, egels, hazen, kikkers en salamanders.
